• Trường Tiểu học Yonaguni
• Trường Tiểu học Kubura
• Trường Tiểu học Hikawa
• Trường Trung học cơ sở Yonaguni
• Trường Trung học cơ sở Kubura - trường cực tây Nhật Bản

Do không có trường trung học trên đảo, các học sinh bước vào bậc học này phải đến đảo chính Okinawa hay sang đảo Ishigaki, và 100% học sinh trung học cơ sở tiếp tục học lên trung học.[2]